Gehörlose und hörende Mitarbeitende bilden zusammen die Missionsleitung. Sie arbeiten alle ehrenamtlich für die Gehörlosenmission. Die Missionsleitung spricht über wichtige Entwicklungen in den Schulen und fördert einen Informationsaustausch zwischen den Gehörlosengemeinden in Deutschland und den Partnergehörlosenschulen in Afrika.
Alle zwei Jahre lädt die Missionsleitung ein zu einer Missionskonferenz: Die Landeskirchen entsenden gehörlose Vertreter zur Konferenz, die an einem Wochenende tagt. Aufgabe der Missionskonferenz ist es einerseits, Informationen aus der Arbeit der Gehörlosenmission an die Gemeinden zu vermitteln. Dazu werden auch Mitarbeitende aus den Partnerschulen eingeladen, die von ihrem Leben und ihrer Arbeit berichten. Außerdem bekommen die Vertreter der Landeskirchen Informationsmaterial in die Hand, das sie bei der Weitergabe von Informationen unterstützen soll. Andererseits gibt die Missionskonferenz den Gemeinden die Möglichkeit, über ihre Vertreter Anregungen, Vorschläge und Fragen an die Missionsleitung zu richten. Die erste Missionskonferenz fand im Herbst 2003 statt.